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根據對微生物控制的程度，實驗用動物房可分為開放系統、屏障系統和隔離系統3類。開放系統飼養普通動物;屏障系統飼養無特定病原動物（ SPF動物）；隔離系統飼養無菌動物及悉生動物。一般除普通動物房外均為潔凈動物房。

        選址：潔凈動物房應建在環境清潔安靜，地勢高燥，排水、通風良好，水、電供應有保障的地方。盡量遠離工廠、繁華居民區、屠宰廠、畜禽場，以及有疫源威脅和公害污染的地區。生產和科研單位的動物房宜單獨建筑在一個小區內，與其他部門隔離。

SPF級動物房

布局：潔凈動物房一般由飼養室、健康觀察室、隔離檢疫室、各種實驗室（外科手術、實驗處理解剖、術后管理、疾病診斷、治療、生理生化檢查、微生物檢疫、飼料營養分析和特殊飼料的調制室等），以及貯藏室、清潔準備室、洗滌消毒室、工作人員用房（包括辦公室、淋浴室、更衣室等）、走廊(清潔區和污染區)、廢棄物處理設施、機房和變電所等組成。其平面布置，應使人、動物和物品的流動路線合理，作業方便。嚴格區分清潔區域和污染區域，以保證人和動物的健康，確保實驗的準確性（人、動物和物品的流動路線見圖）。飼養室的平面尺寸根據飼養量、飼養方式，籠具架規格、排列方式、室內環境、飼養管理及操作方式等綜合研究確定。為了避免溫、濕度在垂直方向出現梯度,籠架高度不宜超過1.8米,頂棚高應在2.2～3米范圍內。走廊寬度要便于操作和搬運物料及器材,以不小于1.3米為宜。清潔準備室的大小,須根據作業內容和消毒滅菌裝置等設施占用的空間確定。

建筑：實驗動物房不應受到外環境污染，應有較高的潔凈度，并且為密閉、室內墻壁、頂棚、地面應光滑易清潔，不留死角，盡量少開洞。因此，傳統做法是在實驗室的建設中，其墻面、頂棚均采用防火彩鋼板，地面為環氧樹脂自流平3㎜厚，接口密封后采用鋁合圓角處理。

氣壓：潔凈動物房要求無菌、無污染性及其對工作人員及外環境基本不產生危害，它在氣壓、氣流設計安排上應為有高到低即：清潔走廊（50Pa）→工作室（35Pa）→污染走廊（20Pa）→前處理室（10Pa），通過集中排風管道，經適當中和處理排向大氣。此外由于實驗動物在其觀察飼養及實驗階段對其生活環境條件具有較高的要求，在潔凈度、溫度、濕度、風速、照度等方面要求較高，因此在其設計和建造中也是應該考慮的重要因素之一。

消毒：物料進出實驗室要消毒處理，潔凈動物房一般選擇過墻傳遞式高壓滅菌消毒鍋。